Sprawami podopiecznych Fundacji bezpośrednio zajmują się pracownicy Centrum Charytatywnego „Koniczynka”. To do nich rodzice i opiekunowie dzieci przesyłają faktury i rachunki związane z leczeniem i rehabilitacją, a także poprawą warunków bytowych. Tutaj organizuje się zbiórki publiczne na rzecz podopiecznych, odbywające się w wielu miejscach kraju.
Koszty obsługi księgowej, informacyjnej i informatycznej ponad 10 000 kont podopiecznych wynoszą ponad 1 000 000 zł rocznie. Do dyspozycji rodziców i opiekunów dzieci zrzeszonych w Fundacji codziennie w godzinach 7.00–16.00 pozostaje 17 pracowników.
Stan konta podopiecznego opiekunowie mogą sprawdzać na bieżąco, logując się na stronie internetowej www.dzieciom.pl oraz dzwoniąc pod numer infolinii 22 486 96 99. Te udogodnienia znacznie usprawniają pracę Centrum Charytatywnego „Koniczynka”.
Pracownicy Fundacji pomagają podopiecznym pozyskiwać darowizny, redagują ich apele o pomoc, zakładają subkonta dla nowych dzieci.
W ramach Centrum Charytatywnego „Koniczynka” działają grupy wsparcia, organizowane są szkolenia, a także prowadzony jest portal internetowy www.fundacjadzieciom.pl
